ChEMBL

ChEMBL to otwarta baza bioaktywności prowadzona przez EMBL-EBI. Łączy dane chemiczne, biologiczne i farmakologiczne dotyczące związków o właściwościach istotnych w odkrywaniu leków. Rdzeniem bazy są zależności między związkiem, testem biologicznym, celem molekularnym i zmierzoną aktywnością, np. IC50, EC50, Ki czy Kd.

Aktualna wersja ChEMBL 36 udostępnia około 2,8 mln unikalnych związków i 17,8 tys. celów lekowych. Bieżący interfejs zawiera ponad 24,5 mln rekordów aktywności biologicznej. Dane pochodzą przede wszystkim z ręcznie opracowywanej literatury naukowej, a także z patentów i zintegrowanych zbiorów badawczych.

Najlepsze do:

• sprawdzania aktywności biologicznej konkretnego związku,
• wyszukiwania związków działających na określone białko, receptor, enzym lub inny cel molekularny,
• wyszukiwania danych IC50, EC50, Ki, Kd i innych parametrów bioaktywności,
• porównywania aktywności serii związków wobec tego samego celu,
• badań zależności struktura-aktywność,
• poszukiwania lead compounds i związków referencyjnych,
• badań z chemii medycznej i drug discovery,
• analizy target–compound relationships,
• szukania informacji o lekach zatwierdzonych i kandydatach klinicznych,
• sprawdzania fazy rozwoju związku,
• analizowania testów wiązania, funkcjonalnych, komórkowych, ADME i innych typów assayów,
• identyfikowania związków badanych wobec określonej choroby lub mechanizmu działania,
• pracy z danymi bioaktywności w analizach QSAR i machine learning,
• pobierania dużych zbiorów danych do chemoinformatyki i bioinformatyki,
• korzystania z REST API i klienta Python do automatycznego pobierania danych,
• analizowania danych patentowych dotyczących bioaktywności; ChEMBL 36 znacząco rozszerzył dane patentowe zintegrowane m.in. z BindingDB,
• prowadzenia szerszej kwerendy razem z PubChem, Reaxys, SciFinder, BindingDB, DrugBank, UniProt, PubMed i SureChEMBL. ChEMBL jest szczególnie przydatny wtedy, gdy pytanie dotyczy mierzonej aktywności związku wobec konkretnego celu biologicznego.

Na co uważać?

• ChEMBL nie jest bazą pełnych tekstów publikacji naukowych,
• rekord aktywności prowadzi do dokumentu źródłowego, ale sam artykuł trzeba otworzyć u wydawcy lub w repozytorium,
• baza zawiera dane ręcznie kuratorowane, ale integruje również zewnętrzne datasety, więc warto sprawdzać pole Source Description,
• jedna publikacja może zawierać wiele assayów i setki lub tysiące rekordów aktywności,
• wiele rekordów dotyczących tego samego związku i celu może mieć różne wartości ze względu na różne warunki eksperymentu,
• IC50, EC50, Ki i Kd nie są wartościami wymiennymi; przed porównaniem trzeba sprawdzić typ testu, warunki i sposób pomiaru,
• brak aktywności w ChEMBL nie oznacza, że związek nie był nigdy badany; baza obejmuje wybrane źródła i dane, które zostały opracowane lub zdeponowane,
• trzeba odróżniać wyniki testów na pojedynczych białkach od assayów komórkowych, tkankowych i całych organizmów; bieżąca baza zawiera wszystkie te formaty,
• wpis o maksymalnej fazie klinicznej opisuje status związku w danych ChEMBL, ale nie zastępuje oficjalnych rejestrów badań klinicznych ani dokumentacji regulatorów,
• ChEMBL zawiera także dane przedkliniczne, przesiewowe i patentowe, które nie są równoznaczne z wynikami recenzowanych badań klinicznych,
• dane chemiczne mogą obejmować formy alternatywne, sole i związki macierzyste; przy analizie trzeba sprawdzić relację między parent molecule i alternative forms,
• patenty są jednym ze źródeł danych o bioaktywności, ale ChEMBL nie zastępuje PATENTSCOPE, Espacenet ani SureChEMBL przy pełnej kwerendzie patentowej,
• wersje bazy są publikowane okresowo. Na październik 2026 roku najnowszą oficjalnie ogłoszoną wersją pozostaje ChEMBL 36 z października 2025 roku.