Najlepsze do:
- wyszukiwania struktur 3D białek, DNA, RNA i kompleksów biologicznych,
- pobierania plików struktur do wizualizacji, modelowania, dockingu i analiz bioinformatycznych,
- sprawdzania ligandów, kofaktorów, jonów, miejsc wiązania i kompleksów białko–ligand,
- analizowania struktur eksperymentalnych wyznaczonych metodami X-ray, NMR i cryo-EM,
- porównywania struktur homologicznych białek i rodzin makrocząsteczek,
- sprawdzania jakości struktury, rozdzielczości, metody eksperymentalnej i raportów walidacyjnych,
- pracy z identyfikatorami PDB, DOI struktur, metadanymi i powiązanymi publikacjami,
- pobierania danych przez API do analiz automatycznych.
Na co uważać?
- Rekord PDB zawiera strukturę, dane eksperymentalne i metadane, ale publikacji źródłowej trzeba szukać osobno u wydawcy, w repozytorium albo bazie literaturowej.
- Nie każda struktura ma taką samą jakość; trzeba sprawdzać rozdzielczość, R-free, metodę, raport walidacyjny, kompletność modelu, brakujące fragmenty, alternatywne konformacje i ligandy.
- Struktura eksperymentalna pokazuje konkretny stan cząsteczki, warunki pomiaru i układ eksperymentalny, więc nie zawsze odpowiada wszystkim stanom biologicznym białka.
- Przy pracy z dużymi kompleksami lepiej korzystać z PDBx/mmCIF, bo starszy format PDB ma ograniczenia techniczne.
- Modele eksperymentalne z PDB trzeba odróżniać od przewidywanych modeli strukturalnych, na przykład z AlphaFold DB.
- Przy cytowaniu warto podawać identyfikator PDB, DOI struktury oraz publikację źródłową, jeśli jest dostępna.
Protein Data Bank, w skrócie PDB, to globalne archiwum trójwymiarowych struktur biologicznych makrocząsteczek. Zawiera struktury białek, DNA, RNA oraz ich kompleksów z ligandami, jonami metali, lekami, kofaktorami i innymi cząsteczkami. Dane pochodzą z metod eksperymentalnych, takich jak krystalografia rentgenowska, kriomikroskopia elektronowa i spektroskopia NMR. Archiwum PDB jest zarządzane przez Worldwide Protein Data Bank, a jednym z głównych portali dostępu jest RCSB PDB. Baza jest podstawowym źródłem danych strukturalnych dla biologii molekularnej, biochemii, bioinformatyki, biologii strukturalnej, projektowania leków i modelowania molekularnego.
Typ:
Globalne repozytorium danych strukturalnych biologicznych makrocząsteczek.
Zawartość:
Struktury 3D białek, DNA, RNA, kompleksów makrocząsteczek, kompleksów białko–ligand, kompleksów z jonami metali, lekami, kofaktorami i innymi małymi cząsteczkami. Baza zawiera współrzędne atomowe, pliki PDBx/mmCIF, starsze pliki PDB tam, gdzie są dostępne, dane eksperymentalne, metadane, raporty walidacyjne, informacje o metodzie wyznaczenia struktury, organizmie, sekwencji, ligandach, autorach, publikacjach źródłowych, identyfikatorach i powiązaniach z innymi bazami.
Dla kogo:
Biolodzy strukturalni, biochemicy, bioinformatycy, chemicy medyczni, farmakolodzy, badacze białek, projektanci leków, osoby pracujące z dockingiem molekularnym, krystalografowie, specjaliści cryo-EM i NMR, doktoranci, studenci biologii, chemii, farmacji, biotechnologii i informatyki biomedycznej, zespoły R&D w biotechnologii oraz osoby analizujące strukturę i funkcję makrocząsteczek.
Pełny tekst:
Brak pełnych tekstów publikacji naukowych. PDB udostępnia dane strukturalne, współrzędne atomowe, metadane, dane eksperymentalne i raporty walidacyjne. Rekordy mogą zawierać odnośniki do publikacji, ale dostęp do pełnego artykułu zależy od czasopisma, wydawcy, repozytorium lub subskrypcji.
Dostęp:
Publiczny i bezpłatny. Dane PDB są dostępne online przez portale wwPDB, w tym RCSB PDB, PDBe i PDBj. Struktury można przeglądać, pobierać i analizować bez opłat. Dostępne są także usługi programistyczne, w tym API, pliki do pobrania i archiwalne zrzuty danych.